Tradicionalmente previsto também no Decreto de Indulto, o benefício da comutação só pode ser concedido ao condenado que não preencha os requisitos do indulto. Além de não poder ter tido sua pena privativa de liberdade substituída por restritivas de direitos, tampouco pode ter sido agraciado com a suspensão condicional da pena.

Nos termos ainda do Decreto nº 6.294/2007, o condenado não reincidente que, até dia 25 de dezembro de 2007, tenha cumprido um quarto da pena, teria a sua pena remanescente comutada em um quarto.

O condenado reincidente que tenha cumprido, até dia 25 de dezembro de 2007, um terço da pena terá comutado um quinto da pena remanescente.

A existência de falta disciplinar cometida pelo condenado nos últimos doze meses, retroativamente a publicação do Decreto-Lei nº 6.294, obsta a concessão do benefício de indulto e comutação. As penas correspondentes a infrações diversas devem ser somadas para cálculo de indulto e comutação.

Segundo o decreto, o indulto não é concedido a condenados por crimes de tortura, terrorismo, tráfico de drogas e os classificados como hediondos, a exemplo de estupro e extorsão qualificada com morte.