A Lei de Execuções Penais, por expressa disposição legal, somente é aplicável à Justiça Militar quando o militar condenado cumpre pena em estabelecimento prisional comum (art. 2º da LEP).

Assim, pode-se afirmar que não existe lei própria a reger a execução de pena de militares condenados que cumprem pena em estabelecimentos prisionais militares, salvo o próprio CPPM.

Diante da lacuna legal, o Juiz Militar tem, por força dos arts. 588 e 590 do CPPM, competência para apreciação dos incidentes da execução penal, sendo certo, igualmente, que diante de tamanha discricionariedade, não se torna possível a definição de padrões.

De bom alvitre nos parece que nos casos não previstos no CPPM, subsidiariamente seja aplicada a Lei de Execuções Penais para nortear as decisões relativas à matéria, como forma de se preservar o princípio da isonomia, pois inexiste norma distintiva em nosso ordenamento jurídico.

Ainda que em diversas situações o militar tenha tratamento diverso do civil, assim o é por força de lei e em casos expressamente previstos. Diante da inexistência de regulamentação própria e ausência de correlação lógica entre a discriminação e o fator de discrímen, razoável seria a aplicação subsidiária da LEP até que outra norma disponha acerca da matéria, como forma de se preservar o princípio da isonomia e afastar o risco de arbitrariedades no curso do cumprimento da pena.